Cada partida en Marvel Universe Miniature Game está dividida en una serie de "Rondas" en las que cada uno de los jugadores van activando sus héroes alternándose con su(s) rival(es). Durante cada Ronda se han de seguir los siguientes pasos por orden, y una vez todos los jugadores han completado esta secuencia de pasos, comienza la siguiente Ronda y la secuencia vuelve a comenzar. Las Rondas siguen sucediendo hasta que los objetivos del escenario se cumplan, el equipo de uno de los jugadores esté completamente KO o fuera de la partida, o se alcance el límite de Rondas establecidas por el escenario.
1. Fase de poder
Cada uno de los personajes de cada jugador dispone de tantos contadores de poder como POW tenga el héroe (normalmente).
Sin un personaje se halla en estado de KO no recibe contadores durante esta fase. En lugar de ello, durante su activación, si al inicio de ésta logra salir de este estado de KO recibirá en ese momento tantos contadores como su atributo de Poder pero con un penalizador de -1.
Además, diversos factores pueden hacer que la cantidad de contadores a percibir varíe, como los bonificadores/penalizadores que tenga el héroe dependiendo de la zona de Aguante en la que se halle.
2. Fase de iniciativa
Durante esta fase se determina el orden en el que los jugadores irán activando sus personajes. Esta fase añade algo de impredecibilidad al juego, puesto que se puede comenzar activando durante las primeras rondas como acabar último en las siguientes. Así que si se es el primero durante 3 rondas seguidas, hay que hacerse a la idea que durante el resto de la partida el rival va a golpear primero (suponiendo 2 jugadores).
Antes de que la partida comience cada jugador toma tantos contadores/dados como rondas establezca el escenario (normalmente 6-8) y los coloca en un recipiente opaco. Todos estos contadores/dados deben tener la misma forma y tamaño pero con un color diferente para cada jugador.
Al inicio de cada ronda uno de los jugadores extrae un contador del recipiente y lo muestra a los demás. El dueño de ese contador decide cual #será el orden de activación entre los jugadores. En turnos posteriores los jugadores irán sacando marcadores siguiendo el orden de las agujas del reloj. En el momento que no queden marcadores en el recipiente, la partida se acaba. De igual manera, la partida no puede alargarse más rondas de las inicialmente estipuladas.
3. Fase de activación
Es ahora cuando los jugadores, por orden, van activando sus personajes 1 a 1, y hasta que todos los jugadores no hayan activado un personaje, no puede comenzar una nueva tanda de activaciones. Durante estas activaciones cada personaje podrá llevar a cabo acciones como Mover, Atacar y/o usar Poderes Especiales gastando tantos contadores de poder como cueste la acción. Es obligatorio gastar al menos 1 contador de poder durante cada activación, aunque no es necesario emplear todos.
Una vez se han activado todos los personajes de todos los jugadores, el juego continúa con la Fase Final.
Pasar de una activación
Antes de comenzar la fase de activación hay que ver si algún jugador dispone de algún "pasa". Para ello el jugador con menos personajes en la zona de juego compara la cantidad de miembros, de los que aún disponga, con el equipo con mayor cantidad de efectivos en mesa, y la diferencia es el número de veces que puede pasar de una activación y botar al siguiente jugador. Pero esto no puede hacerse más de dos veces seguidas, por lo que si dispone de 4 pasas podrán usarse durante 2 rondas seguidas, pero a la tercera vez se está obligado a activar; después puede volverse a pasar las 2 veces que restantes.
4. Fase final
Al inicio de esta fase se han de resolver todos los efectos y reglas que se tengan que llevar a cabo durante la Fase Final.
Una vez se ha resuelto lo anterior, es momento de comprobar las Condiciones de Victoria del escenario para comprobar si algún bando ha logrado la victoria. En partidas de 2 jugadores, si al final de esta fase todos los personajes de un bando están incapacitados, la partida termina inmediatamente y el oponente gana 1 Punto de Victoria extra, aunque nunca puede superar el valor máximo de Puntos de Victoria del escenario.